Osim najzanimljivijih prijedloga - zamjene brojčanog sustava ocjenjivanja od 1 do 5 sa sedam slovnih ocjena od A do F, te ukidanja školarina - najviše kontroverzija izazivaju oni koji, po mišljenju mnogih, izravno utječu na autonomiju sveučilišta. Prijedlozi zakona su nedvosmisleni - kao novo tijelo uvodi se deveteročlano sveučilišno vijeće kao najviše upravljačko tijelo sveučilišta.

U njegovu će sastavu sjediti čak četiri predstavnika države, što u mjerodavnom Ministarstvu znanosti, obrazovanja i športa obrazlažu željom da država, kao osnivač, preuzme veću odgovornost za rad sveučilišta.

Pet preostalih članova iz redova je sveučilišta, tako da autonomija nije narušena - tvrde, pak, u Ministarstvu. Podloga za novo rješenje bila su iskustva Austrije, Češke i Mađarske te Njemačke, u kojoj, primjerice, rektora izravno bira ministar znanosti. U nas buduće čelnike sveučilišta ipak neće birati ministar Radovan Fuchs, ali hoće sveučilišno vijeće.

Točnije, izbor rektora više neće biti u rukama senata, nego vijeća. Senat ostaje samo tijelo koje će "isfiltrirati" dva najbolja kandidata, a sveučilišno vijeće reći će konačnu riječ u njegovu odabiru. Za izbor rektora bit će potrebna dvotrećinska većina, znači šest članova vijeća, tako da predstavnici sveučilišta nikako neće moći odlučiti o izboru rektora bez ruke najmanje jednog "političara". Zanimljivo je i da više nema ograničenja rektorskog "staža" na dva mandata, nego se ista osoba za tu titulu može natjecati neograničeni broj puta.

"Točno je da zakon ne propisuje ograničenja, ali ostavlja mogućnost da se to pitanje dodatno uredi statutima sveučilišta", objašnjava profesor zagrebačkoga Filozofskog fakulteta dr. Žarko Puhovski, koji je sudjelovao u izradi zakona. "Na primjerima Osijeka i Splita vidjeli smo da se manipuliralo zakonskim odredbama. Sada je sveučilištima ostavljeno da sama odluče koliko dugo nekoga žele na svome čelu", kaže dr. Puhovski. I on se slaže da je novim zakonskim odredbama bitno smanjena autonomija sveučilišta. "Da, po mome sudu to je manje autonomije nego po sadašnjem zakonu",  kaže on.

"Politika definitivno ulazi na sveučilišta, što je nedopustivo i ravno skandalu!",  ističe pročelnik Odjela pedagogije na Zadarskom sveučilištu dr. Zlatko Miliša.

Državni činovnici

To je gušenje sveučilišta, kaže, a rektori se time pretvaraju u prave državne činovnike. "Nepravedno je da dekani i dalje mogu imati najviše dva mandata, koji su, osim toga, kraći od rektorskih i traju po dvije godine", čudi se Miliša.

S tim se ocjenama slaže i rektor Zagrebačkog sveučilišta prof. dr. Aleksa Bjeliš, koji nije želio govoriti o pojedinostima, nego općenito o zakonima: "Sveučilište ne smije biti pod političkim utjecajima, a donesemo li te zakone, autonomija će biti ozbiljno narušena",  kaže rektor Bjeliš.

Raspad sveučilišta

U zagrebačkoj akademskoj zajednici ponovno se pojavila kalkulacija da bi zbog novih zakona moglo doći do raspada najvećeg sveučilišta u zemlji na nekoliko manjih. To je ideja koju godinama, navodno, forsiraju najveći zagrebački fakulteti, poput Filozofskog, Ekonomskog, Pravnog i drugih.

"Da bi do izdvajanja došlo, to, prema novom zakonu, mora potvrditi Senat", ističe dr. Puhovski.

Programski ugovori

Što se tiče temeljnog financiranja sveučilišta, država si novim zakonom daje za pravo odlučiti uskratiti novac onim fakultetima i zanimanjima za kojima nema potrebe na tržištu rada. Drugim riječima, država i sveučilišta pregovarat će o strateškim odrednicama rada tih ustanova te sklapati programske ugovore na rok od tri godine. U njima će biti utvrđen plan studijskih programa, kao i upisne kvote usklađene, uz potrebe tržišta rada, i s prostornim mogućnostima sveučilišta.

Venia docendi

Po uzoru na Austriju, za nastavnike se uvodi institut akademske nastavne dopusnice (venia docendi). To je dopusnica za izvođenje nastave i rada sa studentima, koja će se obnavljati svakih pet godina, a izdavat će je rektor. Zanimljivo je da će je rektor moći i oduzeti u slučaju posebno teških prekršaja radnog odnosa i rušenja ugleda sveučilišta, kao što je to bilo, primjerice, u aferi Index.